In 1996 is de RDW verzelfstandigd. Van uitvoerende rijksdienst onder het ministerie van Verkeer en Waterstaat is de RDW een Zelfstandig Bestuursorgaan (ZBO) geworden.
Een ZBO is een publieke organisatie zonder winstoogmerk die taken uitvoert voor de Nederlandse overheid. Met name voor het ministerie van Verkeer en Waterstaat maar ook voor andere ministeries en lagere overheden.
De wettelijke basis voor het bestaan van de RDW is terug te vinden in de Wegenverkeerswet 1994. In deze wet en de daarop gebaseerde regelgeving zijn de taken en de verantwoordelijkheden van de RDW vastgelegd.  
Door de verzelfstandiging van de RDW is een organisatorische scheiding ontstaan in de verantwoordelijkheden voor beleidsontwikkeling en wet- en regelgeving enerzijds en de uitvoering van wettelijke taken anderzijds.
De RDW is verantwoordelijk voor de uitvoering en legt daarover op hoofdlijnen verantwoording af aan de minister van Verkeer en Waterstaat. Een Raad van Toezicht ziet toe op een juiste uitvoering van werkzaamheden en staat de directie met raad terzijde.

Om de ministeriële eindverantwoordelijkheid naar behoren te kunnen dragen, houdt de minister toezicht op het functioneren van de RDW. Zo heeft de minister onder meer de bevoegdheid om de wijze van informatie-uitwisseling tussen de minister en de RDW vast te stellen, de begroting en de tarieven goed te keuren is hij verantwoordelijk voor de aanstelling en het ontslag van de leden van de Raad van Toezicht.
De minister laat zich informeren door de Raad van Toezicht en door de directie van de RDW.